ตามที่ บริษัท ไทยลีก จำกัด และสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้แจ้งยืนยันต่อ สมาพันธ์ฟุตบอลแห่งเอเชีย (เอเอฟซี) รายชื่อ 4 ทีม ที่ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขันในฤดูกาลนี้คือทีมอันดับ 1-4 ของเลกแรก ประกอบไปด้วย บีจี ปทุม ยูไนเต็ด, การท่าเรือ เอฟซี, สิงห์ เชียงราย ยูไนเต็ด และ ราชบุรี มิตรผล เอฟซี 

โดย ทีมอันดับ 1 บีจี ปทุม ยูไนเต็ด และทีมอันดับ  2 การท่าเรือ เอฟซี จะได้ผ่านเข้าไปเล่นในรอบแบ่งกลุ่มทันที โดยการจับสลากรอบแบ่งกลุ่ม ถูกกำหนดจัดขึ้นในวันที่ 27 มกราคม 2564 เวลา 15.30 น. (เวลาประเทศไทย)

ส่วนอันดับ 3 สิงห์ เชียงราย ยูไนเต็ด และอันดับ 4  ราชบุรี มิตรผล เอฟซี จะได้รับโควต้า เข้าสู่รอบคัดเลือก รอบสอง (Preliminary Stage 2)

อย่างไรก็ตาม ทั้ง 2 ทีมมีโอกาสจะได้รับสิทธิ์ชนะบาย และผ่านเข้าไปเล่นเป็นทีมในรอบเพลย์ออฟ โดยอัตโนมัติเนื่องจากจำนวนทีมที่ไม่เพียงพอในการแข่งขันรอบคัดเลือก ซึ่ง เอเอฟซี จะมีการแจ้งยืนยันก่อนการจับสลาก อีกครั้ง

สำหรับ กำหนดการแข่งขันถูกกำหนดไว้ ดังนี้

รอบคัดเลือก รอบสอง (Preliminary Stage 2) แข่งขันในช่วงเดือนมีนาคม 2564

รอบเพลย์ออฟ (Playoff stage) แข่งขันในช่วงต้นเดือน เมษายน 2564

และรอบแบ่งกลุ่ม (Group Stage) จะเริ่มแข่งขันในช่วงเดือน เมษายน/พฤษภาคม 256

อย่างไรก็ตาม โปรแกรมการแข่งขันจะมีการแจ้งยืนยันอีกครั้ง ซึ่งอาจมีการเปลี่ยนแปลงเนื่องจากสถานการณ์การแพร่ระบาดของโควิด-19