คณะกรรมการออกใบอนุญาตสโมสร (Club licensing Committee) ได้มีการดำเนินการตรวจสอบใบอนุญาตสโมสร ของสโมสรที่เข้าร่วมการแข่งขันกีฬาฟุตบอลลีกอาชีพระดับไทยลีก 3 เพื่อให้เป็นไปตามมาตรฐานที่สหพันธ์ฟุตบอลแห่งเอเชีย (AFC) กำหนดนั้น คณะกรรมการได้มีการพิจารณาเอกสารของสโมสรในระดับไทยลีก 3 ที่จะเข้าร่วมการแข่งขันในฤดูกาล 2021/22 จำนวนทั้งสิ้น 76 สโมสร เสร็จสิ้นแล้ว ซึ่งมีผลการพิจารณาดังนี้

สโมสรไทยยูเนี่ยน สมุทรสาคร เอฟซี และสโมสรกระบี่ เอฟซี ไม่ผ่านหลักเกณฑ์ด้านการเงิน โดยทั้งสองสโมสรสามารถยื่นหนังสือเพื่อขออุทธรณ์ได้ภายในวันที่ 28 มิถุนายน 2564

สโมสรมาแชร์ ชัยภูมิ, สโมสรบ้านค่าย ยูไนเต็ด, สโมสรกระบี่ เอฟซี และสโมสรสตูล ยูไนเต็ด ต้องส่งเอกสารการเงินเพิ่มเติมภายในวันที่ 20 กรกฎาคม 2564 และหากไม่สามารถดำเนินการได้ตามกำหนด สโมสรจะถูกตัดสินให้ไม่ผ่านหลักเกณฑ์ด้านการเงิน ซึ่งจะไม่ได้รับใบอนุญาตสโมสร

ทั้งนี้ ทางคณะกรรมการได้ส่งหนังสือแจ้งผลการพิจารณาไปยังสโมสรตั้งแต่วันที่ 24 มิถุนายน 2564 ที่ผ่านมา